Roque Júnior ha giocato nelle file di São José, Palmeiras, Milan, con cui ha vinto la Champions League 2002-2003 (giocando parte della finale infortunato), Leeds United, Siena e Bayer Leverkusen. Malgrado i successi con la nazionale brasiliana la sua carriera nelle squadre di club non è stata all’altezza di quella in nazionale.
