Alberto Zapater nel luglio 2009 viene acquistato dal Genoa per 4,5 milioni di euro. Il 23 agosto 2009 debutta nel campionato italiano in Genoa-Roma (3-2), mettendo a segno il secondo gol dei liguri direttamente da calcio di punizione. Si ripete il 18 settembre nella prima partita della fase a gironi di UEFA Europa League contro lo Slavia Praga quando, ancora una volta su punizione, segna il primo gol in assoluto nella fase a gironi della nuova competizione. Sigla la sua seconda marcatura in campionato il 4 ottobre 2009 contro il Bologna su assist di Tomovi?. La stagione successiva viene immediatamente ceduto allo Sporting di Lisbona.
Un bidone è per sempre: Alberto Zapater, il portoghese non lascia il segno nel Genoa
Un bidone è per sempre: Alberto Zapater, dopo una sola stagione al Genoa viene ceduto in Portogallo
