Y?to Nagatomo è nato il 12 settembre del 1986 a Saij?. Giocatore di fisico minuto ma compatto, si è distinto per la grande velocità sulla fascia con la palla al piede, per i precisi cross verso il centro area o anche arretrati verso fuori area, per la capacità di sacrificarsi e per le buone doti tecniche che gli hanno consentito di muoversi in velocità sia negli spazi stretti che in quelli larghi. Altra caratteristica importante è la duttilità, grazie alla quale ha potuto essere impiegato come terzino destro, terzino sinistro (il suo ruolo principale), esterno di centrocampo e più raramente come difensore centrale, posizione in cui ha sopperito alla sua scarsa altezza con una sorprendente elevazione dovuta alla possente muscolatura. Ha dimostrato intelligenza tattica in fase di spinta nello scegliere i tempi adatti ad attaccare la linea di fuorigioco della difesa avversaria, mentre in fase difensiva è stato talvolta protagonista di clamorosi errori. Terzino ambidestro e dotato dal punto di vista atletico, in un’intervista ha attribuito la sua grande resistenza fisica al consumo di umeboshi (prugne marinate in salamoia e ricche di acido citrico). Si è segnalato per la serietà professionale e per l’impegno negli allenamenti e in gara, diventando inoltre un beniamino dei compagni per la sua disponibilità e allegria.
Inizia a giocare in patria a Fukuoka per la squadra della scuola superiore di Higashi Fukuoka prima di trasferirsi alla squadra dell’Università Meiji di Tokyo, l’ateneo in cui si laurea in Economia politica. Nel 2008 passa all’FC Tokyo, in marzo esordisce in prima squadra nella J League, il massimo campionato giapponese, e si mette ben presto in luce, in maggio debutta in Nazionale e partecipa subito dopo ai Giochi di Pechino con la Nazionale olimpica. Nel 2009 viene inserito nella squadra ideale della J League e quello stesso anno vince con il club la Coppa Yamazaki Nabisco. Lascia l’FC Tokyo dopo aver giocato quattro stagioni collezionando complessivamente 81 presenze e 6 reti. Nell’estate del 2010 il club giapponese le cede in prestito con diritto di riscatto al Cesena, con il quale esordisce in Serie A il 28 agosto nello 0-0 contro la Roma. Nella sessione invernale del calciomercato, Nagatomo viene prima riscattato dal Cesena e quindi ceduto in prestito all’Inter in cambio del prestito di Santon, diventando il primo nipponico nella storia del club nerazzurro.[14][17] Chiude l’esperienza con i romagnoli dopo aver disputato 16 partite di campionato e aver fornito un assist. Arriva all’Inter all’indomani delle brillanti prestazioni offerte durante la trionfale Coppa d’Asia 2011, voluto dall’allenatore Leonardo. Debutta il 6 febbraio 2011 nel secondo tempo dell’incontro vinto in casa 5-3 contro la Roma e il successivo 6 marzo segna il primo gol in Italia nel 5-2 contro il Genoa. I rossoblu diventano il suo «bersaglio» preferito e segnerà loro nelle stagioni successive in altre due occasioni, contribuendo in entrambe le circostanze alla vittoria della propria squadra. Qualche giorno dopo il primo gol in campionato esordisce in Champions League negli ultimi minuti della vittoria esterna per 3-2 contro il Bayern Monaco. La sua prima annata si chiude con la conquista della Coppa Italia 2010-2011 nella vittoriosa finale contro il Palermo. Il 30 giugno l’Inter riscatta il suo cartellino dal Cesena.
Nella stagione successiva diventa titolare fisso e lo resterà anche con gli allenatori Stramaccioni (2012-2013] e Mazzarri (2013-2014). Nell’agosto 2012 realizza la sua prima rete in campo europeo. Nel 2013 viene eletto miglior giocatore dell’Asia. La stagione 2013-2014 è la sua migliore in maglia nerazzurra, è il difensore più prolifico della Serie A con 5 gol (al pari del romanista Benatia), diventa titolare fisso e il 22 dicembre 2013 per la prima volta indossa la fascia di capitano dell’Inter. I risultati negativi di inizio stagione 2014-2015 portano all’esonero di Mazzarri nel novembre 2014 e il suo posto viene preso da Mancini. Nelle due stagioni con il tecnico di Jesi, Nagatomo trova sempre meno spazio e viene spesso relegato in panchina, una tendenza che prosegue nella successiva stagione di transizione. La situazione non cambia all’inizio della stagione 2017-2018 con l’arrivo di Spalletti, che lo utilizza a sprazzi. Desideroso di giocare per farsi trovare pronto ai mondiali in Russia, durante la sessione invernale di mercato accetta le offerte del Galatasaray, il cui allenatore Fatih Terim ha espresso ammirazione nei suoi confronti. Chiude l’esperienza milanese con 210 partite, 11 gol e 18 assist tra campionato e coppe. Il 31 gennaio 2018 passa al Galatasaray in prestito oneroso fino al termine della stagione. Con i turchi trova il posto da titolare e si rilancia, già a marzo il club ne chiede all’Inter la cessione. Il Galatasaray vince il campionato arrivando a 75 punti, con 3 di vantaggio sul Fenerbahçe. A fine giugno viene reso noto che l’Inter lo cede a titolo definitivo per 2,5 milioni di euro alla società turca, con la quale Nagatomo firma un nuovo contratto biennale.
