Lucien Favre nel 1993 intraprese la carriera di allenatore, alla guida dell’Echallens, sulla cui panchina rimase per due anni. Nel 1997 fu ingaggiato dall’Yverdon, che allenò fino al 2000, quando fu chiamato dal Servette. Dopo un biennio con il club di Ginevra, nel 2003 si trasferì allo Zurigo, diretto fino al 2007. Nel 2007 accettò la chiamata dell’Hertha Berlino che allenò fino all’esonero del 28 settembre 2009. Il 14 febbraio 2011 diventa nuovo allenatore del Borussia Mönchengladbach, sostituendo l’esonerato Michael Frontzeck. Raggiunge la squadra che si trova in ultima posizione, e riesce a portarla prima agli spareggi salvezza contro la terza classificata della Zweite Bundesliga, il Bochum, vincendo all’andata e pareggiando al ritorno, consentendo ai Fohlen di rimanere nella massima serie. L’anno seguente è la quarta stagione consecutiva per il Gladbach in Bundesliga, e comincia nel migliore dei modi, battendo il Bayern Monaco all’Allianz Arena. La stagione è piena di soddisfazioni, e la squadra ottiene importantissimi risultati, che la portano sempre più in alto per lottare in un posto nella prossima UEFA Champions League. A metà campionato la squadra è terza, con una serie incredibile di vittorie. Dopo alcune partite tentennate, il Gladbach è quarto, a più dieci dalle inseguitrici a meno sei giornate dalla fine della stagione, con grandi possibilità di qualificarsi addirittura in UEFA Champions League. Termina il campionato al 4º posto, guadagnandosi così la possibilità di giocare i preliminari Champions League. Dopo un avvio disastroso in campionato ed in Champions League, con cinque sconfitte su cinque fra campionato e coppe e culminato con le prime contestazioni dei tifosi, il 20 settembre 2015 rassegna le dimissioni dopo 4 anni di grandi risultati. Per la stagione 2016-2017 viene ingaggiato dall’OGC Nice nel campionato francese. L’avventura con i nizzardi inizia con undici partite da imbattuti, oltre all’ottenimento del titolo di campione d’inverno della Ligue 1 con una giornata di anticipo. Invece, l’avventura in Europa League termina nella fase a gironi, nella quale si classificano ultimi con 6 punti (di un punto dal secondo e terzo posto). Lascia la squadra francese il 19 maggio 2018. Tre giorni dopo firma un biennale con il Borussia Dortmund.
Un Allenatore al Giorno: Lucien Favre, attuale mister del Borussia Dortmund