Theodoros Zagorakis iniziò la carriera al Kavala, club della sua città, in cui spesso veniva schierato a destra del centrocampo. Li conobbe Z?s?s Vryzas e assieme a lui aiutò la squadra a raggiungere la promozione alla seconda divisione greca. Ne seguì il trasferimento al PAOK Salonicco nella stagione 1992-93, dove iniziò ad assumere un ruolo sempre più determinante in campo e fuori, fino a diventare il capitano nelle sue due ultime stagioni, divenuto ormai icona dei tifosi. Nella stagione 1997-98 si trasferì in Inghilterra, al Leicester, formazione con la quale partecipò due volte alla finale della Football League Cup, la prima persa contro il Totthenham e la seconda vinta contro il Tranmere Rovers. Tuttavia, non trovandosi in accordo con il tecnico del club, nel 2000 decise di tornare in Grecia, dove fu ingaggiato dall’AEK Atene. Anche qui divenne una figura cardine del club, con il quale ottenne una Coppa di Grecia nel 2002, contro gli storici rivali dell’Olympiakos. Nella stagione 2004-2005, dopo aver vinto con la nazionale greca il Campionato europeo di calcio 2004, si trasferì in Serie A, nel Bologna di Carlo Mazzone. La squadra retrocesse dopo lo spareggio col Parma e Zagorak?s lasciò il club felsineo a fine stagione, nonostante il suo buon contributo alla causa dei rossoblù. Rientrato in patria, al PAOK, vi giocò le ultime due stagioni della propria carriera.
Un bidone è per sempre: Theodoros Zagorakis, dalla vittoria all’Europeo alla retrocessione in Serie B con il Bologna