Juan Zuniga nell’estate 2008 viene acquistato per 3 milioni di euro dal Siena, club nel quale si mette in luce con ottime prestazioni, attirando l’interesse di diversi club. Colleziona complessivamente 28 presenze in campionato. Il 9 luglio 2009 viene acquistato a titolo definitivo dal Napoli, con cui firma un contratto fino al 2014. Esordisce con la maglia partenopea il 23 agosto 2009 nella prima di campionato contro il Palermo, subentrando a Jesús Dátolo. Chiude la prima stagione in maglia azzurra con 22 presenze, di cui 14 dal primo minuto. Schierato all’occorrenza anche nel ruolo di esterno sinistro, il 20 febbraio 2011 realizza la prima rete in maglia azzurra e in Serie A, decidendo il match al San Paolo contro il Catania (1-0). Il 15 maggio 2011 realizza contro l’Inter il secondo gol in maglia azzurra siglando il definitivo 1-1, risultato che sancisce il ritorno del Napoli in UEFA Champions League dopo 21 anni dall’ultima partecipazione. L’esordio nella massima competizione europea avviene il 14 settembre 2011 partendo dal primo minuto nella partita in trasferta contro il Manchester City, terminata 1-1. In questa stagione viene utilizzato stabilmente nel ruolo di esterno sinistro titolare nel 3-4-2-1 di Walter Mazzarri, cui si adatta proficuamente dopo qualche difficoltà iniziale a livello difensivo. Il 20 maggio 2012 vince il primo trofeo italiano, la Coppa Italia, disputando da titolare la vittoriosa finale di Roma contro la Juventus. Anche nella stagione seguente, conclusa dal Napoli al secondo posto in classifica, è il titolare sulla fascia sinistra, disputando complessivamente 40 partite tra campionato e coppe. Nella stagione 2013-2014, sotto la guida del nuovo tecnico Rafael Benítez, arretra nel ruolo di terzino sinistro nel 4-2-3-1 del tecnico spagnolo. Il 1º ottobre 2013 firma il prolungamento del contratto fino al 2018. Il 21 ottobre si sottopone ad un intervento chirurgico per rimuovere una calcificazione al ginocchio destro. A dispetto dei tempi di recupero inizialmente previsti, stimati in 6-8 settimane, torna in campo dopo sei mesi e mezzo, l’11 maggio seguente, alla penultima di campionato sul campo della Sampdoria. Chiude la stagione con otto presenze complessive e vince la seconda Coppa Italia, sebbene non venga mai utilizzato nel corso della manifestazione. La stagione 2014-2015 è sulla falsariga della precedente: colleziona 7 presenze in campionato e 10 complessive in stagione. Fuori dai piani tecnici del nuovo tecnico azzurro Maurizio Sarri, che non lo schiera mai in campo, il 13 gennaio 2016 passa in prestito al Bologna fino al termine della stagione, giocando 9 partite nella seconda metà del campionato. Il 16 luglio 2016 passa agli inglesi del Watford con la medesima modalità, ritrovando l’allenatore Walter Mazzarri. Il 18 settembre segna il gol del 2-1 contro il Manchester United. Colleziona complessivamente 21 presenze (in gran parte a gara in corso) e una rete in Premier League. A fine stagione non viene riscattato dal Watford, e rientra al Napoli rimanendo però fuori rosa. Il 30 gennaio 2018 viene ufficializzata la sua cessione a titolo temporaneo per un anno (con opzione per il secondo) all’Atlético Nacional, squadra dove il colombiano era cresciuto, ritornando in madrepatria dopo ben 10 anni di permanenza in Europa. Il 4 luglio 2018 annuncia il ritiro dall’attività agonistica, a causa dei perduranti problemi fisici.
Che fine ha fatto Juan Zuniga? Forte terzino di Siena e Napoli